Les infections causées par les champignons, une menace croissante

Au Centre national de référence des mycoses invasives et des antifongiques de l'Institut Pasteur, à Paris, les champignons sont passés au crible.

Les chercheurs y expertisent chaque année quelque 800 échantillons: des souches de levures ou de champignons filamenteux - de la moisissure - sont analysées en culture, notamment au microscope, pour déterminer leur espèce et leur éventuelle résistance aux traitements.

"Visibles ou invisibles, les champignons sont partout", annonce Fanny Lanternier, infectiologue à l'hôpital Necker et responsable du Centre de référence à l'Institut Pasteur, qui lance le 4 octobre le "Pasteurdon", opération annuelle de collecte de dons pour la recherche.

Les mycologues pensent qu'il existe au moins 1 million d'espèces sur Terre.

Les champignons se reproduisent par diffusion de spores microscopiques. Ces spores sont souvent présentes dans l’air et le sol, et peuvent être inhalées ou ingérées avec les aliments. Certaines levures font également partie du microbiote et sont présentes sur la peau et dans le tube digestif.

Certaines infections fongiques courantes sont bénignes et généralement faciles à traiter comme le muguet buccal, les infections ou mycoses vaginales, ou les mycoses de la peau et du cuir chevelu.

Si la majorité des spores présentes sur la peau ou inhalées dans les poumons n'ont pas de conséquence chez les personnes bien portantes, elles sont susceptibles de provoquer des infections sévères chez les patients au système immunitaire affaibli.

- Cryptococcus -

"Elles vont toucher des patients particulièrement fragiles, qui ont par exemple un cancer, une infection par le VIH, ont été transplantés ou ont subi une chirurgie lourde", énumère la Pr Lanternier.

Ces dernières années, certaines infections fongiques ont augmenté, en raison de l'utilisation croissante de traitements affaiblissant le système immunitaire pour soigner d'autres maladies, poursuit-elle.

L'an dernier, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a publié une liste de 19 champignons à étudier en priorité, évoquant une "menace majeure pour la santé publique".

Parmi les espèces particulièrement problématiques, selon l'OMS, le Cryptococcus neoformans (qui peut mener dans certains cas à une méningite), le Candida auris (qui peut provoquer des infections de différents organes, en particulier cérébrales) ou encore Aspergillus fumigatus (susceptible d'entraîner des maladies pulmonaires).

Ces infections sont associées à des taux de mortalité très élevés, jusqu'à 60% pour certaines.

L'incidence et la portée géographique des maladies fongiques endémiques - restreintes à certaines zones - s’étendent dans le monde entier sous l'effet du réchauffement climatique et de l’augmentation des voyages.

Champs de tulipes

Au printemps, les centres de santé américains (CDC) ont alerté sur une augmentation des cas de Candida auris, levure émergente partout dans le monde, qui s'est propagée progressivement dans les établissements de santé du pays.

La France reste encore peu touchée par cette problématique. Mais pour prévenir l'implantation et la diffusion de cette levure dans les hôpitaux français, il est recommandé depuis cet été de réaliser un dépistage de colonisation à Candida auris sur des patients admis après une hospitalisation à l'étranger.

Malgré les inquiétudes grandissantes, les infections fongiques ne bénéficient que de très peu d’attention et de ressources, déplore l'OMS.

De plus en plus courants, les agents pathogènes sont par ailleurs davantage résistants aux traitements, sur le modèle des bactéries, qui résistent aux antibiotiques.

"On utilise des antifongiques (des médicaments, ndlr) pour traiter des patients mais aussi dans les champs pour éviter que certains champignons ne s'attaquent aux cultures", explique Sarah Dellière, médecin mycologue à l’hôpital Saint-Louis (Paris) et chercheuse à l'Institut Pasteur.

A force, "certains champignons comme l'Aspergillus deviennent résistants aux antifongiques et il s'avère plus compliqué de traiter des patients qui se contaminent avec", poursuit-elle.

Cette résistance a notamment été mise en lumière aux Pays-Bas, où de grandes quantités d'antifongiques ont été épandues dans les champs de tulipes.