Генерал армии Прудников похоронен на Федеральном военном мемориальном кладбище
6 января 2014 года на Федеральном военном мемориальном кладбище в г. Мытищи Московской обл. состоялась траурная церемония прощания с бывшим главнокомандующим Войсками ПВО Вооруженных Сил Российской Федерации генералом армии Виктором Прудниковым, скончавшимся на 76-м году жизни после тяжёлой продолжительной болезни.